Roman, "dünyanın değişmeyen yanında olmaktan, geleceği güzelleştiren rüyalar görmekten ve vazgeçmemekten mutluluk" duyan sürgündeki yazar, Kadir'in iç sesiyle açılır.
"Eskisi yıkılırken yerine yenisinin konulmadığı bir çağda, nereye ve neye ait olduğuna karar vermek zorunda olmak!" Üstelik de bu seçimi aşk acısı çekerken yapmak! 1970'lerde yirmi yaşlarında olup hayatlarını yüreklerinin doğrultusunda biçimlendirmiş bir kuşağın temsilcisi sayılabilecek Kadir'in, yirmi yıl sonra, sosyalizmin dünya arenasında gerilediği dönemdeki hüzünlü öyküsü; Yürek Sürgünü her şeyden önce bir aşk romanıdır. Bir tarafta 42 yaşında, sevdiği kadına ancak yürekle yaşanacak çalkantılı bir gelecek önerebilecek bir yazar, öteki tarafta ise Kadir'den -kendisi olmayı bırakıp- ona düz, sakin bir hayat ve gelecek vaat etmesini bekleyen Ayşe; ve bu aşkın çevresinde, örselenmiş hayatlarına tutunmaya çalışan bir avuç insanın iç içe geçmiş hayatlarının panoraması: Yıllardır Almanya'da siyasi mülteci olarak yaşayan kocası Murat'ın geri dönmesini beklerken bir yandan da hapishanede açlık grevinde ölüme yaklaşan oğluna destek olmaya çalışan yalnız Lale; devrimden umudunu keserek, "insanların mutluluğu için, gerekirse Tanrının kutsallığına da katlanabilirim," diyerek kavgasını radikal Müslüman hareketle birleştiren Halit; yirmi yıl önce arkadaşlarını terk ederek ideallerinden vazgeçen, sonradan edindiği zenginlikle eski arkadaşlarının saygısını satın almaya kalkışan Nihat; Almanya'daki uzun sürgünde yalnızlığa dayanamayarak kurtuluşu mutlu olmayı bilen insanlarda arayan Murat... Kadir'in çocukluk kabuslarını canlandıran, Osmanlı Hanedanı mensubu Ebuzziya Bey'in çevresinde gelişen, kayıp Klasik Türk Müziği ustalarından Hamparsum'un besteleri ile ilgili sır ise romanın yan öyküsünü oluşturur.
Yürek Sürgünü, Mehmet Eroğlu'nun -kendilerine tehlikeli sorular soran eylemci genç insanı araştırdığı- ilk dört romanını bir anlamda noktalayan eseridir. 1970 öncesinin, devrim hayalleriyle yaşayan genç adamları artık kırklı yaşlardadırlar ve iki askeri darbenin ardından verdikleri kayıplar, baskı ve acılara dayanamayıp vazgeçenlerden arta kalanlarla -devrim rüyalarının görülmediği bir çağda- yabancısı oldukları sıradan yaşama, nesli tükenmeye yüz tutmuş canlılar gibi direnmeye çalışmaktadırlar. Kitabın sarsıcı ve önemli bir diğer tarafı da, Mehmet Eroğlu'nun 1990 başlarında, henüz siyasal İslam iktidara gelmemiş ve radikal Müslüman hareketinin 2000 yılında açığa çıkacak şiddet çılgınlığının işaretleri daha ortada yokken, ülkenin sonraki 10 yılına ilişkin kehanet sayılabilecek politik öngörüleridir: Eroğlu, solun politik arenada boşalttığı yerin kimler tarafından ve nasıl doldurulacağını, romanın önemli karakterlerinden Halit vasıtasıyla gözler önüne sererken, Yürek Sürgünü toplumumuzu ciddi bir biçimde bölen Müslüman-Laik çizgisini özellikle Müslüman kadın gözünden, Zeynep'le irdeler.
Roman, yüreğindeki sürgünden geri dönen Kadir'in mırıltılarıyla, başladığı gibi sona erer: "Kırk iki yaşındayım, dünyayı güzelleştirecek rüyalar görmekten vazgeçmedim, vazgeçmeyeceğim..."

Dünyanın değişmeyen yanında olmaktan, geleceği güzelleştiren rüyalar görmekten ve vazgeçmemekten mutlu, dakikalardır hasır bir sandalyenin üstünde, sanki kımıldarsa her şeyi yitirecekmiş gibi soluk almadan oturuyordu. Sürgündeydi, buraya yüreğinin peşinden gelmişti. Başının üstünde -sıcağın yanı sıra- düşüncelerinin duygularının tuzağına düşmesine benliğini gökyüzüne taşıyarak engel olan, geniş ve yüksek bir çınar, ayaklarının dibinde ise rüzgârla oynayan küçük bir kedi vardı. Rüzgâr günötesinde, Girit'in açıklarında doğup sabaha kadar aşağıdaki körfeze uzanan yüzlerce kilometre boyunca özgürce estikten sonra karayla karşılaştığı kumsalda gücünü yitirmiş olmalıydı; şimdi bütün deltayı gören bu yamaçta uysal bir meltemi andırıyordu. Kedi -ona "Eylül" diyordu- nehrin sağındaki harabelerin arasına dağılmış bağ evlerinde yaşayan çocuklardan öğrendiğine göre on, en çok on iki haftalıktı. En az kendisi kadar yaşlı görünen eşeğinin iki yanına sardığı testilerle eve günaşırı içecek ve yiyecek getiren köylü, o küçük şeyi eline tutuşturduğunda eylül henüz yarılanmamıştı. Eylül, varlığını büyük bir olasılıkla sarı çizgileri olan annesiyle, siyah renkli babasının, aşağıdaki bir göle benzeyen koyun köpeklerinin gitmeye cesaret edemedikleri sık sazlıklar arasındaki buluşmasına, adını ise ona borçluydu. "Ben olsam ona kedi derdim." Bu, su taşıyan yaşlı adamın fikriydi.